III. Murad Has Odası'yla hamamlar arasında yer alan Hünkar Sofası ölçüleriyle Harem'in en büyük mekanıdır. İlk biçimiyle inşaatı III. Murad Has Odası'ndan sonra, 1580-90 yılları arasında yapıldığı yazılı kaynaklardan ve panoramik resimlerden anlaşılır. Harem'in müzikli eğlenceleri, toplantıları, bayramlaşma ve diğer törenlerinin yapıldığı bu büyük sofada, harem halkının padişahların tahta çıkışı ve bunu izleyen günlerde Eyüp'teki türbelerde yapılan kılıç kuşanma törenlerinden sonra, bağlılık ve tebriklerini sundukları bilinir. Padişahın kız veya erkek çocuklarının dünyaya gelişi ve hanım sultan denilen padişah kızlarının nişanlanmaları, evlenmeleri dolayısıyla yapılan eğlenceler de bu salonda gerçekleşmiştir. Yapı bugünkü durumuyla yüzyıllar boyunca geçirdiği onarım veya değişiklikleri sergiler. Sofa 1665 yangınından sonra da önemli bir onarım görmüştür. Günümüze III. Osman dönemindeki (1754-1757) yenilenmeyle elde edilen, rokoko ağırlıklı bir süsleme zevkini yansıtacak şekilde ulaşmıştır. Salonun giriş kapısındaki kitabede de III. Osman'ın adı vardır. Duvarlar altın yaldız ve boyalı ahşap kaplamalar ve mavi beyaz Avrupa çinileriyle (Delf) kaplanmış, duvarlara çeşmeler yapılmıştır. Harem'deki çeşitli eğlencelere sahne olan bu mekanın, değişik dönemlerden gelen farklı üsluptaki süslemeleri, yüzyıllar boyunca değişen beğenilerin bir araya geldiği etkileyici bir ortam oluşturmuştur.