Kleopatra'dan sonra bilinen en ünlü Mısır Kraliçesi kuşkusuz Nefertiti. Mısır Firavunu IV. Amenhotep'in eşi olan Kraliçe Nefertiti, ülkeyi eşiyle beraber yönetti. M.Ö. 1336'dan sonra Nefertiti ile ilgili herhangi bir kayıt yok. Mumyası ve mezarının da nerede olduğu bilinmiyor. Bir teoriye göre, IV. Amenhotep'in hükümdar vekili oldu ve adını Neferneferuaten olarak değiştirdi. Bir başka teoriye göre de adını Smenkhkare olarak değiştirdi ve erkek gibi görünerek ülkeyi yönetti. Fakat bahsi geçen bu isimler Nefertiti'den sonra yaşadı. 2015 yılında Mısır Eski Eserler Bakanlığı, Tutankamon'un lahitinde iki oda olduğunu ve bu odalardan birinin Kraliçe Nefertiti'ye ait olabileceğini açıkladı.