Derinkuyu’nun yerin yaklaşık 85 metre altına inen yapısı, sekiz katı ziyarete açık olmakla birlikte toplamda 12–14 kata kadar uzanabileceği tahmin ediliyor. İlk katlarda hayvan ahırları ve depolar bulunuyor; bu düzenleme hem lojistik hem de yaşam pratikleri açısından oldukça mantıklı. Üçüncü katta ise misyoner okulu ve Kaymaklı Yeraltı Şehri’ne bağlanan gizli bir tünel mevcut. Bu sayede farklı yerleşim yerlerine ulaşmak mümkün olmuş.