Hidroponik sistem kurmak pahalıdır. Bu özellikle, özel tasarım kullanan büyük ölçekli sistemler için geçerlidir. Hidroponik sistemin kurulumunda kullanılan otomasyon ve teknoloji temelinde, su arıtma tesisi, besin tankı, aydınlatma, hava pompası, rezervuar, sıcaklık kontrolörü, EC, asidite kontrolü ve tesisat sistemleri gibi ilk kurulum büyük bir başlangıç bütçesi gerektirebilir.