Tarih 1606 yılına geldiğinde, Caravaggio ve arkadaşları ile Roma’nın kabadayılarından biri olarak tabir edilen Ranuccio Tomassoni ve arkadaşları arasında bir kavga çıktı. Aralarında uzun zamandır süren bir husumetin olduğu kaynaklarda yer almaktadır. Tomassoni, sıradan biri değildi; bölgenin nüfuzlu bir ailesinin mensubuydu ve kadın ticareti, kumar ve haraç kesmek gibi işler de yürütüyordu. İkilinin arasındaki kavganın sebebini; bazı kaynaklar basit bir oyun bahsi olarak aktarırken, bazı kaynaklar da iki adamın geçmişindeki kumardan doğan borçları ve esas olarak ortak ilişkide oldukları kortizan Fillide sebebiyle olduğunu aktarır. İki grup arasında çıkan arbedede kılıçlar çekildi, Caravaggio kılıcını savurduğunda Tomassoni’yi ağır yaraladı. Resmi raporlardan Tomassoni’nin olay yerinde hayatını kaybettiğini biliyoruz. Yaralanan ressam ise, arkadaşları tarafından Roma dışında Colonna ailesine ait olan Zagarolo’daki bir mülke kaçırıldı. Tomassoni’nin ailesi güçlü bir aileydi ve Caravaggio’ya cinayet davası açtı. Kardinallerin ve aristokratların baskıları bu sefer ressamı kurtarmaya yetmedi; Papa V. Paul, ünlü ressam için ölüm fermanı verdi. Artık Caravaggio, Papalık topraklarının neresinde olursa olsun görüldüğü yerde kellesinin vurulmasını emrediyordu.