Sultan İsa Medresesi Mardin’de hüküm süren son Artuklu Sultanı Melik Necmettin İsa bin Muzaffer Davud bin El Melik Salih tarafından 1385 yılında yaptırılmıştır. İlk defa Mardin’de görülen Timur ve ordusu ile savaşmış olan Melik Necmeddin İsa bir süre bu medresede hapsedilmiştir.