Krubera Mağarası'nın sistematik keşfi, derinliklerinin haritalandırılmasında önemli ilerleme kaydeden Ukraynalı mağara bilimcilerinin öncülüğünde 1980 yılında başladı. 2003 yılında, Ukrayna Mağara Bilimi Derneği'nin 1910 metrelik rekor bir derinliğe ulaşmasıyla Krubera resmi olarak dünyanın en derin mağarası oldu. Daha sonraki keşif gezileri daha da derine indi ve mağara 2006 yılında 2000 metreyi aşarak mağara biliminde tarihi bir ilke imza attı.