Şehir, bulunduğu coğrafi yapıdan kaynaklanan yumuşak kalkerli kayalıklardan oluşmaktadır. Zamanla meydana gelen aşınma ve insan eliyle şekillendirme sayesinde bu kayalıklarda pek çok mağara oluşmuştur. Bu mağaralar, tarih boyunca burada yaşamış medeniyetler için bir barınma, depolama, sığınma ve ibadet yeri olarak farklı amaçlarda kullanılmıştır. İç kısımlarında bulunan sarnıçlar ve havalandırma bacaları bu yapılanma sürecinin en belirgin örneklerindendir. Aynı zamanda, birbirine tünellerle bağlanan birden fazla katlı ve odalı bir yapı oluşturulmuştur. Kayaların yapısı sebebiyle mağaralar, kışın ılık ve yazın serin kalarak doğal bir klima özelliğine sahiptir. Binlerce yıllık tarihi yerleşim yeri olan Hasankeyf hakkında bilinmeyenler arasında, insanlık mirası için günümüze değerli bilgileri taşıması yatar.