Yakıt olarak kullanılan kömürün yanması sonucunda aşırı miktarda kül ve cüruf (hafif metal kalıntıları) ortaya çıkmaktadır. Bu atıkların içerisinde arsenik, cıva, radyonüklidler gibi tehlikeli ve zehirli maddeler de bulunmaktadır. Atık depolama bölümünde biriken bu maddeler zamanla havaya ve yeraltı sularına karışmaktadır. Bu bölümlerin korumasında ve sızdırmazlığında bir sorun olduğunda çevresel felaket kaçınılmazdır. Depolama için kullanılan hektarlarca verimli arazi kullanılamaz hale gelmektedir. Bu atıkların tamamen güvenli biçimde ortadan kaldırılması ise neredeyse olanaksızdır. Atık birikimi santralin kullanım süresi ile orantılı olduğu için tesiste minimum aktiflik hatta pasiflik gerekmektedir.