Yonaguni Anıtı'nın nasıl oluştuğu hala gizemini koruyor. Bazı uzmanlar bu yapıtın doğal bir oluşum olduğunu düşünürken, diğerleri bunun kayıp bir şehir veya tapınak gibi eski bir insan yapımı bir yapısı olduğunu öne sürüyor. Ancak bu yapıtın insan yapımı olduğu teorisine dair henüz kesin bir kanıt yok.