Bizans’ın İstanbul’daki bilinen ilk kilisesi Aya İrini. Ancak günümüzdeki kilise ilk inşa edilen Aya İrini değil. İlk Aya İrini ahşap olarak inşa edilmiş. İmparator Iustinianos çok tanrılı dini yasaklayınca halk ayaklanma başlatmış ve 532 yılında hem Aya İrini’yi hem de Ayasofya’yı yakmış. Sonrasında her ikisi de yeniden yapılmış. Osmanlı İmparatoru Fatih Sultan Mehmet’in İstanbul’u kuşattığı dönemde Aya İrini silahların bakım ve onarımının yapıldığı cephane olarak kullanılmış. Camiye çevrilmeyen nadir yapılardan biri olan Aya İrini uzun yıllar boyunca ganimet ve siyah deposu olarak kullanılmış. Sonrasında ise müzeye çevrilmiş.