Tapınak, MS 500 civarında kiliseye dönüştürülmüştür. Bu özenli ve detaylı dönüşüm, aynı zamanda muazzam bir mühendislik girişimdir. Tam anlamıyla ters yüz edilen tapınağın içi dışına çıkarılmıştır. Afrodit Tapınağı’nın günümüzdeki yapısının, Geç Antik Çağ’da dönüştürülmüş olan kilise olduğu bilinmektedir.