Didyma’nın hazinesi sayılan Apollon Tapınağı, o zamanki adıyla Didymaion, MÖ 560’ta inşa edildi ve antik dünyanın en önemli kehanet merkezlerinden biri haline geldi. Tapınak, uzun süre, orada yaşayan ve Brankhidler adı verilen aile tarafından yönetildi. MÖ 494’te Pers saldırısı sırasında, Miletos şehri ile Apollon Tapınağı da yerle bir oldu. Büyük İskender MÖ 334’te Miletos’u aldıktan sonra kehanet merkezinin yönetimi Miletos kentine verildi. Yıkılan tapınağın temelleri üzerine, İon dünyasının en büyük tapınaklarından birinin yapımına başlandı. Daha sonra, Apollon Tapınağı’ndan çalınan bronz Apollon heykeli I. Seleukos tarafından bulundu ve Didyma’ya geri verildi. MÖ 300 dolaylarında başlanan ve ölçüleri çok büyük tutulan tapınağın yapımı tamamlanamadı.