610 yılında Papa tarafından affedildiği haberini alan af belgesini almak ve Roma’ya dönmek için tablolarını bir gemiye yükleyerek yola çıktı. Ama Palo sahilinde bir yanlış anlaşılma sonucunda tutuklandı. Kısa bir süre sonra serbest bırakıldığında tablolarını da taşıyan geminin, limandan ayrılmış olduğunu gördü. Yaraları daha tam iyileşememişken çaresizce limandan Porto Ercole’ye yürümeye başlayan Caravaggio hakkında en son, 1610 yılındaki kayıtlardan öldüğü bilgisine ulaşabiliyoruz. Ölümünün nedeninin yaraları sebebiyle mi, enfeksiyon ya da zehirlenme kaynaklı mı olduğu yoksa bir saldırı sonucu mu olduğunu bilemiyoruz. Ölümü de sanatı gibi karanlık ve gizemli bir sır olarak kalmıştır. Hatırlatmak gerekir ki Caravaggio’yu yalnızca sicilindeki kayıtlara yansıyan suçlarıyla değerlendirmek, sanat tarihinin en etkili ressamlarından birinin trajik derinliğini ıskalamak olur. O; Rembrandt, Velazquez, Rubens gibi birçok ressamı etkilemiş ve kendi ruhundaki karanlığı tuvallerine bir ışık olarak düşürmeyi başarmış bir ressamdı.