İdam fermanının ardından kaçtığı Napoli’de bir süre kaldıktan sonra Malta’ya geçen Caravaggio, burada, şövalyelerin koruyucu azizi için ‘The Beheading of Saint John the Baptist (Aziz Vaftizci Yahya’nın Başının Kesilmesi)’ isimli tablosunu çizdi. Bu tablonun karşılığında, ünlü ressama hukuki dokunulmazlık da sağlayacak olan “şövalye” unvanı verildiği söylenir bazı kaynaklarda. Ama bu dokunulmazlık çok uzun süre sürmedi. 1608 yılında yedi şövalyenin karıştığı silahlı bir arbede yaşandı ve bu kavgada Caravaggio, bir şövalyeyi ağır yaraladı. Tarikat Konseyi’ne bu olay yansıdığında, ressam tutuklanarak Fort St. Angelo kalesinin yeraltı zindanlarına hapsedildi. Katedralde fırça darbeleriyle resmettiği tablosu sergilenirken Caravaggio ise, ironi odur ki, zindanda hapisti.