Türkiye’nin kültür varlıklarının izini sürebileceğiniz bir başka adres ise Muğla Müzesi’dir. Girişinden itibaren ünlü arkeoloji müzelerini aratmayan atmosferiyle Muğla Müzesi, Müştakbey Mahallesi’nde Konakaltı Kültür Merkezi’nin hemen yanında yer almaktadır. Önceleri cezaevi olarak hizmet veren binanın, 1993 yılı itibariyle Kültür Merkezi Binası olarak hizmet vermesine karar verilmiş ve aktif olarak 1994 yılında ziyaretçilerine açılmıştır. Muğla Müzesi, bünyesinde üç ana bölüm, bir de sanat galerisi bulunmaktadır. Ayrıca müze, birbirinden kıymetli 5.460 parça esere ev sahipliği yapmaktadır. Müze içerisinde kapalı bölümde sergilenen arkeoloji eserlerinin çoğu Yatağan’da yer alan Stratonikeia Antik Kenti’ne ait kazılardan getirtilmiştir. Bu buluntuların yanı sıra, aynı yerdeki Lagina ve Sedir Adası’ndaki Cedrae şehirlerinin eserleri de müzede sergilenmektedir.