Bozcaada Kalesi'nin ilk olarak ne zaman ve kimler tarafından yapıldığı tam olarak bilinmemektedir. Kale, Fatih Sultan Mehmet tarafından esaslı bir şekilde onarılmıştır. 1657 yılında ada Venediklilerden geri alındığında yine önemli bir onarım görmüştür. II. Mahmut döneminde 1815’te kalenin adeta yeniden yaptırıldığını kitabelerden anlamaktayız. Kale, en son Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından 1996 yılında restore edilmiştir.