Caminin kuzeybatısında, medreseye yakın bir yerde bulunan tek katlı, kare planlı küçük yapı ise namaz vakitlerinin belirlendiği muvakkithanedir. İç mekân duvarları ve tavanı kalem işi bezemelerle süslü olan Muvakkithane, 1842 yılında Kapancı-zade Hacı Hüseyin Efendi tarafından yaptırılmıştır.