Aziz Agustin Kilisesi'nin hemen yanında yer alan Aziz Agustin Müzesi, kilisenin tarihî ve Filipinler'in dini mirası hakkında daha fazla bilgi edinmek isteyenler için eşsiz bir fırsat veriyor. Eskiden manastır olarak kullanılan müzede dini eserler, eski haritalar, tablolar ve İspanyol dönemine ait çeşitli objeler sergileniyor. Aziz Agustin Müzesi’nin geniş avlusunda dolaşırken, taş kemerlerin ve çiçeklerle dolu bahçenin huzurlu atmosferinin de keyfini çıkarabilirsin. Ayrıca müzenin içindeki sergiler, Filipinler'in İspanyol sömürge dönemine dair de derinlemesine bir bakış açısı yaratıyor.